Esta quedando muy lindo para ser el primer proyecto electronico (mi prmer prototipo de SD2IEC era horroroso) pero habria que verificar que todas las conexiones esten correctas, que le llegue la alimentqcion correctas a las patas correctas antes de meterle el micro ya programado.
El bootloader es un programita que grabas en el micro con el programador (con el cable, ponyprog, el hex o bin, etc) luego lo que te permite el bootloader es cargar un bin desde la tarjeta SD directamente asi cada vez que queres cambiar de version no necesitas programar con el cable, etc, etc.
Te conviene comenzar con una version sin bootloader, una version vieja, no se si las versiones nuevas se pueden usar sin bootloader, asi probas mas simple.
No viste las instrucciones que subi yo para grabar el micro con el PonyProg? vas a tener que seguirlas porque yo la otra vez no encontre muchas explicaciones, fueron prueba y error y recolectar de distintos lugares.
Ademas fijate que laversion que le pones corresponda con tu placa, porque se puede compilar para placas con las cosas en pines distintos, por ejemplo los leds y el puerto IEC en otras patas, verifica bien cual es tu version de la placa antes que nada.
Saludos
MARCOS