No hacen falta las roms 3.1, yo formatee una particion con smartfilesystem en la 4000, usando las roms 3.0, no tengo un disco grande asi que solo tenia libres 2.1GB para probar, pero la particion usa SFS, asi que perfectamente tendria que poderse formatear en un tamaño mayor. El tutorial que consiguio Andres dice los pasos, pero no hace falta hacerlo en WinUAE, se hace en la maquina real con HDToolBox, la pagina es esta:
LINKHay que obviar la primera mitad que lo unico que hace es explicar como configurar el WinUAE para emular la maquina real con un disco real de Amiga, pero si se empieza en la seccion
ALTERNATIVE, mas o menos por la mitad de la pagina, a partir de donde dice
Once you have HDToolBox up and running: es valido para la maquina real, se siguen esos pasos y ya esta.