Si, ésa prueba también la hice. Obtengo el mismo resultado. La máquina no tiene reloj y la circuitería asociada al mismo no funciona, voy a verificar que no esté jorobado algo más.
La salida analógica sale directamente del combinador RGB ADV7120 y no veo lógica para lo que está ocurriendo, ya que no hay ningún feedback hacia LISA.
Lo único positivo de todo ésto, es que estoy aprendiendo a conocer el hardware y cada día me gusta más.

GRACIAS !!!

Bien, esto es lo último que se me ocurre, si es que el problema viene del hard y no de alguna cosa rara de soft.

En la mother de la 4000 hay un jumper cerca de los puertos de joystick cuya configuración se transmite a Lisa en serie junto con los datos del mouse, no cumplen ninguna funcion dentro de Lisa pero 1 par de bits los interpreta el OS para saber si la maquina es AGA o no:

"There is a 12 pin header (DIL, J975) near the mouse ports. This feeds the 'extra' shift register in Lisa. Unlike OCS/ECS systems, which simply multiplex the four quadrature signals from each mouse port with one another, the AA systems serialize all eight bits of mouse data. While they were at it, the AA designers added a second 8-bits to the mouse port registers. These don't hook into mouse logic or anything, but they can be read by the CPU.

So we used them for configuration. The first two bits (not on that header) tell the OS about the AA system -- is it 16 or 32 bit, is it single or double access per cycle. These are hard-wired on the motherboard. The remaining six bits read high when unjumpered, low when jumpered. I had recommended using one to say 'VGA only,' but there wasn't enough ROM space."

Asi que busque en el esquema de la A4000 y encontre la parte que maneja ese jumper y esos 2 bits que estan menciona que le dicen al OS sobre el AGA, dejo una imagen en el post.
Puede ser, o que haya una pista cortada y alguno de esos 2 pines no vayan a tierra, o que alguno de esos registros de desplazamiento este medio cagado.

No se si entendi mal, pero sin la IV24 se ven 256 colores, y no sabemos si en este tiempo se quemo algo en la maquina o si es la IV24 que de alguna manera esta haciendo trabajar a la 4000 en modos de 12 bits, yo diria que habria que esperar a que se pueda probar la maquina de nuevo sin la placa, y con un workbench limpio, si anda bien entonces es cosa de la IV24, sino es cosa de la placa madre.
Igualmente no creo que sea una falla lo de la IV24, creo que esta hecho a proposito lo de trabajar en 12 bits, recuerden que es un genlock mas que una placa de video, y trabaja muy relacionada con el chipset, ya que tiene opciones de picture in picture, para ver la entrada de video en una ventana de workbench, haciendo una especie de overlay, pero como dice en la web, eso solo funciona en modos OCS/ECS, y como la placa se conecta al slot de video tiene bastante control de la maquina, lo que hace muy posible que sea la placa la que no deja cambiar de modos, ya que si mal no recuerdo es de 1991/92 esa placa, cuando todavia no se sabia que iba a salir el chipset AGA.
Tambien cuando salieron las maquinas AGA, misteriosamente dejaron de venderla como placa de video y la empezaron a anunciar como genlock, cosa que me sorprendio porque yo sabia que antes la vendian como placa de 24 bits, por ahi tenia algun tipo de incompatibilidad con AGA, o simplemente quedo atrasada con respecto al chipset de la 4000.

FUNCIONÓ !!!

Toda ésa zona está atacada por la corrosión de la batería y por la posición en que la máquina estuvo almacenada en el depósito. Inclusive tuve que lijar y pintar los ports de raton y joystick en su momento. Lo que nunca supuse es que la cosapodía venir por ése lado. Si bien las entradas A y B (patas dos y tres del U976) están a masa como corresponde, no arranca en modo AGA. Entonces probé con poner todos los jumpers a masa y arrancó en 256 colores. Luego fui sacando de a uno y con el primer jumper puesto, arranca en modo AGA. Aún tengo que limpiar bien toda la zona pero ya sé dónde está el problema. Me queda luego probar la IV24 a ver que hace, pero mejor me voy a dormir un par de horas.
MUCHÍSIMAS GRACIAS A TODOS POR HABERSE PREOCUPADO Y POR LA INFORMACIÓN PRESTADA, ÉSTO NO LO PUDO RESOLVER NINGÚN FORO QUE NO SEA ÉSTE!!!
SALUDOS Y ABRAZOS !!!

Juan, no puedo creer que lo hyas podido solucionar!
GOLAZOOOOOOOOO

Y realmente me pone MUY FELIZ saber que hay otra A4000 andando al 100%!!!

Abrazo, medalla y beso...y ... a celebrarrrrrrrr!!!!!!!!

La verdad, hoy me sentí solo, quería abrazar a todos. Ahora ya me siento mejor, y me doy cuenta que estamos todos mucho más acompañados de l que creemos.
Gracias nuevamente.

Que alegria Juan Carlos!!!  :D

Ahora a disfrutar de ese maquinon!  ;)

Grande Idolo!
Mis felicitaciones y envídia por poseer una Amiga con AGA, ja ja (yo quisiera tener una 1200, la 4000 es demasiado)

Coca especial y benjamines para todos!

Felicitaciones Fekete !!! Yo todavia tengo que ponerme con mi A3000, pero la verdad que no tengo tiempo de nada...

Bueno, la cosa está un poco caliente, pero camina. Contrariamente a lo que suponíamos, la IV-24 funciona como scandoubler y a pesar que la placa dice claramnete A3000, otorga una salida de 24 bits. O sea que se ven unos colores de la san mil putas como los que otorga el chipset AGA.
Cuando digo que la cosa está un poco caliente, no es chiste, la placa tiene tres conversores analógico a digital bastante grandes, de 40 patas, y uno de ellos calienta como para hacer un huevo frito arriba de él. Así que recurrí a la tecnología de INTEL: tomé un disipador de pentium II, lo recorté un poquito a sierra y a lima y lo planté arriba dejando el chip bastante frío. Lo gracioso es que antes de hacer todas las pruebas para ver 256 colores andaba lo más bien, pero ahora no puedo arrancar la máquina con el ventiladorcito funcionando porque nunca logro ver video, se ve que en algún lado hay un contacto frío que necesita calor. En fin, ahora mi IV-24 es vaporera, hasta que no levanta presión la caldera del chip, no tengo video. No se pueden ganar todas en la vida...