Yo uso ese enfoque.
Tengo dos discos de 500GB, de 2.5 pulgadas (de notebook) metidos en unos "case" de aluminio que tienen una interfaz USB. El tamaño es mas o menos como el de un atado de cigarrillos (aunque mas delgado) y te los podes llevar en un bolsillo. Creo que entre disco y case gastas unos 110 u$s, un costo por giga mucho más bajo que un pendrive.
La ventaja además es que en caso de que algún disco de tu(s) PC(s) "muera", podes salir del paso simplemente poniendo uno de estos mientras compras el otro...
En mi caso, los discos de mi PC son tambien de 500GB o menores, así que si como backup hago directamente una imagen del disco, la copia bootea y todo.
Es lo que mejor resultado me ha dado, y en los últimos años me salvo dos veces del desastre
Saludos!