Yo tengo un mapper, y una expansión como la que mencionaron.
El tema de como se mapea la memoria no debería de interferir en la carga de los juegos. Los cargadores que en algún momento supe hacer (no me acuerdo ni jota ya) simplemente redirigían la sección de direcciones a la p{ágina de memoria que había que cargar. Pero éso ya venía casi siempre predigerido por quienes habían crackeado el juego. Obviamente siempre hablando de 128k.
Cuando tenés 256k o más que éso, generalmente son juegos que ya vienen con el cargador incorporado.
De todos modos, si a una máquina de 128k le agregás un mapper, al iniciar la máquina, y si no me equivoco, al buscar memoria a través de los 4 ports que para ello utiliza el z80, si encuentra los da como válidos.
Nunca vas a poder acceder a ellos como si fueran una dirección fuera de H0000 a HFFFF, ya que el Z80 tiene ésa limitación, pero sí podés poner otra memoria física en el espacio direccionable, cambiando el valor de los ports antes mencionados.
En cada uno de ésos registros, está escrito que parte de la memoria física, ya sea ram principal o mapper, va a ser la realmente direccionada.