Coincido con Andres, tan simple no es el asunto pero tampoco es imposible, se siguen los pasos y anda. El tema es que vos estas usando una mezcla de cosas y algun detalle esta fallando.
Yo hice todo con 3.1 (pero 3.0 y ROMs 3.0 andan exactamente igual) porque no me convencia usar 3.9, aunque tengo maquina para eso, el 3.1 hace el trabajo y no necesito mas por ahora.
El 3.9 te soluciona un monton de temas como el de los discos grandes e Internet, pero es un sistema que se aprovecha realmente teniendo mucha memoria y en lo posible placa de video. El asunto es que si te estas complicando tanto no ganas mucho en lo que supuestamente te simplifica el 3.9.
Por otro lado, lo mejor es particionar, formatear e instalar en la Amiga, y usar el WinUAE solo para pasar datos al disco una vez que esta todo instalado. WinUAE es un emulador y alguna cosa se le puede escapar o puede tener mas tolerancia a los errores que una maquina real, por eso no te garantiza que ande despues en la maquina.
Tu problema principal debe ser que no tenes acceso a CD en la maquina y por eso se te complica teniendo que usar el emulador para instalar el sistema. Yo instale el 3.9 directamente arrancando desde el diskette de instalacion y continuando con el CD, me detecto la placa de video y la lectora de CD y se instalo todo usando el monitor VGA.
Si Andres te esta ofreciendo solucionarlo te aconsejo que aproveches, el ya hizo un monton de pruebas y varias veces hablamos de estas cosas, yo estoy lejos, uso Amiga 4000 con controladora Buddha IDE que tiene soporte directo para discos grandes, no uso OS 3.9 (lo tuve siempre de adorno), en cambio a Andres lo tenes cerca, usa el 3.9, y probo todo en la 1200.