Una preguntita:
Ese disco rígido de que capacidad es? Es el de 20gb ese con el que te vino la máquina?

Y primordialmente:

Estás trabajando dentro del maligno borde de los 4gb?

Mirá que el os 3.9 tiene soporte para más de 4gb pero requiere que esté instalado dentro de los primeros 4gb del rígido.

A modo de ejemplo te comento que yo tengo un disco de 20gb (18  reales más o menos) con 4 particiones todas formateadas en Smart File System (SFS):
Dh0 (1gb, booteable) contiene Amiga Os 4.0
Dh1 (1gb, booteable) contiene Amiga Os 3.9
Dh2 (1gb, booteable) contiene el backup del Amiga Os 3.9 (porque siempre le ando metiendo mano y haciendo macanas)
Dh3 (15 gb y pico, no booteable) contiene muchísima basura y restos de experimentos raros y misteriosos del eje del mal.

Yo, por propia experiencia, recomiendo que hagas un par de particiones pequeñas dedicadas al sistema en la primera parte del disco rígido y el resto si dejarlo para lo que quieras
Sigo tu asunto con mucho interés, comentá como sigue.

Es cierto lo de la particion, acordate que no vas a tener soporte de discos grandes hasta que instales el 3.9, yo haria una primera particion en el inicio del disco de no mas de 2GB, que como sea igual te va a sobrar para el sistema. Despues que instales podes hacer el resto de las particiones.
Ahora les pregunto a los que instalaron el 3.9, porque yo lo instale desde CD, primero generando el diskette de arranque que instala el sistema, no hice esas cosas raras de copiar el CD a otro soporte. El 3.9 se puede instalar desde 3.1 sin arrancar con un diskette de 3.9?

si claro, pero pasa q el problema es q cyberboy no tiene cdrom en la 1200

Si eso lo entiendo, pero lo que pregunto es si es como el DOS en la PC, que tenes que iniciar desde un disco de arranque, en este caso diskette de 3.9 para instalar el sistema, o se puede hacer arrancando desde 3.1, porque que se pueda instalar encima del 3.1 no implica que se tenga que arrancar desde 3.1

A Pastbytes le respondo:
Podés instalar el os 3.9 desde el soporte que se te antoje desde workbench 3.0 o 3.1

Los archivos de os 3.9 se instalan en la ubicación que elijas durante la instalación.
Si usás la partición en la que está workbench 3.0 o 3.1 los archivos nuevos reemplazan a los viejos y el wb 3.0/3.1 es reemplazado.

Es decir que no es "nesario" arrancar desde el diskette de 3.9 (yo no lo probe por eso preguntaba), de todas maneras seria bueno que pruebe generando ese diskette y arranque desde ahi, el problema que va a tener es que no va a ver la tarjeta SD, hay que hacer un diskette de arranque especial. Ahora pregunto, la tarjeta SD en que esta formateada? Funciona la instalacion del 3.9 en una SD formateada en FAT32?

es fat 32, habria q ademas cargar el controlador de la sd y el vfat creo q es para poder leer fat32, no creo q entre todo en un disco .... no se si se podria formatear en amiga con winuae y ahorrarse el espacio del vfat ...... de todos modos andres lo instala desde la sd, en algo elpen esta chingando, q corno sera ¿?

ELPEN: intenta arrancar con un disquete workbench de wb 3.1 y fijate q ves, yo estoy seguro q esa imagen del 3.9 anda........pasa q puse el 3.9 solo una o dos veces y ya ni recuerdo q hice, ahora, el 3.5 anda si o si por q lo puse mil veces, si podes fijate de instalarlo, si anda podemos descartar que haya algun problema en la transferencia de datos de cd a sd onda nombres largos y extensiones

Otra que se puede hacer es usar el diskimage para montar imagenes de CD, es decir una unidad de CD virtual, asi elimina los problemas de los atributos y nombres de archivos.
O ponerle una unidad de CD a la 1200 y dejarse de joder.  ;D

Ah pero esa última es re Amiga.org!
::)

En mis primeras épocas, antes de empezar a meter cosas.... bah mentira ya tenía la Blizzard PPC. El Os3.9 se instalaba con rom 3.0 y desde tarjeta SD como intenta hacer el niño.

Yo tengo la corazonada que el drama viene por el lado de la partición y el borde de los 4gb

Bueno, si me dijeran que tener una unidad de CD en una maquina que tiene una IDE integrada es algo TAN complicado lo entenderia, pero es mas facil ponerle un CD exclusivamente para instalar 3.9 y despues sacarlo y no ponerlo nunca mas en la maquina.
Yo creo que deberia probar lo del diskimage, que cargue la imagen del CD (ISO o lo que sea) en la SD y luego intente instalarlo, en una de esas la maquina sea el problema y no la instalacion, asi que siempre hay que ir a lo seguro. Si despues quiere puede formatear y volver a instalar todo de la manera mas complicada.